apt-get install funktioniert nur mit Paketnamen, die in der Liste aller verfügbaren Pakete gespeichert sind. Diese Liste bastelt sich apt-get aus den Quellen (/etc/apt/sources.list und alles im Verzeichnis /etc/apt/sources.d/ ) zusammen.
Sprich: Alles, was du mit apt-get installieren kannst, sind Pakete (Endung .deb) die in den Quellen angegeben sind.
Wenn du dir so (z.B. von getdeb) ein Paket runterlädst, dann kannst du es mit gdebi-gtk installieren (oder mit dpkg --install)
Wenn das Programm nicht als Paket vorliegt, dann sind meistens Anweisungen dabei, in denen steht, wie das Programm zu installieren ist (Es wird dann aber NICHT von Synaptic gesehen werden..)
In dem Fall hast du eine jar-Datei, dabei handelt es sich um ein ausführbares Java-Archiv. Das kannst du, wie schon erwähnt, mit java -jar <DATEI> starten
Damit du das nicht immer eintippen musst kannst du natürlich auch einen Starter anlegen, und die Datei z.B. nach /opt/PROGRAMMNAME/DATEI.jar verschieben (Root-Rechte erforderlich)
